Մարդու իրավունքների պաշտպանի աշխատանքի կարևոր ուղղություններից է համագործակցությունը հասարակական կազմակերպությունների հետ։ Նրանց հետ փոխգործակցությունը սկզբունքային կարևորություն ունի երկրում մարդու իրավունքների պաշտպանության վիճակի բարելավման և առհասարակ իրավունքի գերակայության ու ժողովրդավարության ապահովման համար:
Հասարակական կազմակերպությունների հետ համագործակցության արդյունավետ հարթակներից են Պաշտպանին առընթեր խորհրդատվական խորհուրդները։ Այս առումով հատկանշական է, որ Մարդու իրավունքների պաշտպանը կարող է ստեղծել խորհրդատվական խորհուրդներ, որոնք կազմված են մարդու իրավունքների կոնկրետ բնագավառներում անհրաժեշտ փորձ և գիտելիքներ ունեցող հասարակական կազմակերպությունների ներկայացուցիչներից և անկախ մասնագետներից:
Խորհուրդների նպատակն է Պաշտպանին տրամադրել աջակցություն մարդու իրավունքների պահպանության, դրանց ապահովման վերաբերյալ խնդիրների վերհանման, քննարկման և իրավասու մարմիններին առաջարկությունների ներկայացման հարցում:
Նշված խորհուրդներում բարձրացված խնդիրների արդյունավետ լուծման նպատակով կազմակերպվում են նաև դրանց ընդլայնված նիստեր, որոնց մասնակցում են ոչ միայն տվյալ խորհրդի անդամները, այլ նաև իրավասու պետական մարմինների ներկայացուցիչներ և լրագրողներ։ Այս նիստերը կարևոր հարթակ են, որտեղ թե՛ հասարակական կազմակերպությունների և թե՛ պետական մարմինների ներկայացուցիչները հնարավորություն են ունենում ներկայացնել իրենց դիրքորոշումները քննարկվող հարցերի վերաբերյալ և հանգել միասնական լուծման։
Այս պահին գործում են Պաշտպանին առընթեր 6 խորհրդատվական խորհուրդներ՝ Խոշտանգումների կանխարգելման խորհրդատվական խորհուրդ, Զինված ուժերում մարդու իրավունքների պաշտպանության հարցերով փորձագիտական խորհուրդ, Հաշմանդամություն ունեցող անձանց իրավունքների պաշտպանության հարցերով խորհուրդ, Երեխաների և երիտասարդների իրավունքների հարցերով խորհուրդ, Կանանց իրավունքների հարցերով խորհուրդ, Ազգային փոքրամասնություններին պատկանող անձանց իրավունքների պաշտպանության և խթանման հարցերով խորհուրդ։
